Der Eingriff erfolgt in örtlicher Betäubung, zumeist aber werden zusätzlich Medikamente verabreicht, die zum Schlaf führen (Analgosedierung).

Die Katheter (Elektroden) werden unter Röntgendurchleuchtung über die Vene in das Herz vorgeschoben. Über die Katheter werden EKG-Ableitungen aus dem Herzen registriert. Sinn der Elektrophysiologischen Untersuchung ist es, die Art und den Mechanismus der Herzrhythmusstörung genau festzustellen. Dazu ist es notwendig, die Herzrhythmusstörung mit Hilfe nicht spürbarer Schrittmacherimpulse von verschiedenen Stellen des Herzens auszulösen. In den meisten Fallen können diese Herzrhythmusstörungen über die eingeführten Katheter im Herzen mit Schrittmacherimpulsen wieder beendet werden. Nur selten ist eine Beendigung der Rhythmusstörung mit einem äußerem Elektroschock („Kardioversion“) in einer kurzen Narkose notwendig.

Nach Sicherung des genauen Mechanismus der Herzrhythmusstörung kann der untersuchende Arzt eine weitere Therapie vornehmen. Man verwendet dafür entweder einen Kryoballon (Kälte- Ablation) oder Hochfrequenzstrom (Wärme-Ablation). Nach dem Eingriff ist eine Blutverdünnung notwendig (Antikoagulation).