Hier wird die unterschiedliche Magnetisierbarkeit der Gewebe ausgenutzt, um Bilder der Körperorgane zu erzeugen. Unter Anwendung eines starken Magnetfeldes kann man die Strukturen des Herzens und der herznahen Gefäße darstellen und beurteilen. Die Herzuntersuchung wird mit EKG-Kontrolle gemacht, hier ist zeitweise das Anhalten des Atems notwendig. Die sogenannte Stress-MRT Untersuchung wird mit einem Stress-Medikament (Adenosin) und Kontrastmittel (Gadolinium) durchgeführt, um mögliche Durchblutungsstörungen des Herzens zu demaskieren.

Bei manchen Krankheitsbildern (zum Beispiel Herzmuskelentzündung) kann man mithilfe der MRT Ort und Ausdehnung der Erkrankung genau definieren.

Auch die Narben nach einer durchgemachten entzündlichen Erkrankung oder nach einem Myokardinfarkt werden dank dieser Methode dargestellt.